引言 多尺度方法通过采用结合不同尺度的方法描述体系的各个部分使得模拟复杂体系中的物理化学过程成为可能，最具代表性的就是量子力学/分子力学(Quantum Mechanics/Molecular Mechanics, QM/MM)方法。对发生化学反应、光激发过程的核心区域（如酶活性中心，溶液中的溶质）采用量子力学方法，确保能准确描述电子结构的重排；对环境区域，则用分子力场，描述原子级别的运动。

引言 通常QM/MM MD都是用截断方案处理QM区域与MM环境间的静电相互作用，忽略掉长程部分对模拟结果（尤其是自由能）会有什么影响，相关工作还较少。一般来说，涉及显著电荷分布重排的反应，忽略长程QM-MM静电作用确实会引入一些误差。 较新的Amber24支持在xTB级别下进行考虑长程静电的QM/MM MD模拟，但需要将xTB程序编译为动态库。正好我想测试QM/MM PME对于自由能曲线

我只是在最不适合的时候，遇到最不适合的人 只要拥有，无论是多么渺小的愿望，就能够支持我继续面对这个世界 终于要告别，回到那个宁静的海滨小城。不必再面对本不该牵扯的人和事，维系将断未断的缘分。

​ 有大半年没有更新博客了。没有时间慢慢编织属于自己的物语，想写什么也不知从何谈起。过去几年陷入低谷，和过去的人越走越远，疏于爱好，渐渐失去喜爱世界的动力，我的生命变得黯淡无光。 ​ 回顾一直在钻研的增强采样，其目的不过是加快体系在势能面各个极小值点之间的跃迁，在有限的模拟时长下历经更多微观态。虽然广义系综方法（平行退火）/全局偏置方法（高斯加速分子动力学），能够平等地加速各个微观态间的跃迁

引言 ​ 最近由于科研需要，开始接触力场拟合。DMFF(Differentiable Molecular Force Field)是DeepModeling开发，基于JAX自动微分技术对分子力场自动调参的平台。其理念对厌恶繁琐事物的我来说十分有吸引力（本人有将一切事情都自动化、黑箱化的倾向）。 ​ DMFF中力和能量的计算是通过对OpenMM中ForceField类的重载来实现的，在DM

GROMACS中OPC水的拓扑文件 与常用的三位点水模型相比，OPC多了一个虚拟电荷位点，总共有4个电荷位点和在氧原子上的单个Lennard-Jones位点参与相互作用。 首先确认OPC水的势函数类型与需要配合使用的力场是否兼容，（力场）拓扑文件的开头一般会有[ defaults ]字段，定义非键相互作用的计算规则： 例如： 123[ defaults ]; nbfunc

​ 阅读化学动力学经典文献：Reaction-Rate Theory: Fifty Years after Kramers (Hänggi, Talkner & Borkovec, 1990) 顺便翻译了摘要和介绍部分。后续阅读所得将会呈现在此文(Chemical Dynamics. I. A Historical Introdcution)中。 Abstract 速率系数的计算

前言 最近终于能从忙碌中脱身，挤出点时间做自己的事情。遂重拾这搁置多年的项目，开辟一个属于自己的天地(博客)，将我所经历的时光铭刻于文字中，而不是任凭它们随记忆消散。随着年龄增长，人逐渐被卷入社会的漩涡，与越来越广阔的世界交织，独属于自己的时间被逐渐增加的琐事蚕食。我开始意识到，若非难事，真正想做的事、珍视的事情，最适时机就是当下。无论多么忙碌，我们都需要保留一份独属于自己的闲暇，仔细耕耘内心的

Welcome to Hexo! This is your very first post. Check documentation for more info. If you get any problems when using Hexo, you can find the answer in troubleshooting or you can ask me on GitHub.

热力学回顾 热力学基本方程 \[ dE=\delta Q+\delta W=TdS-pdV+\mu dN \] 特性函数 \[ S(N,V,E)=k_Bln \Omega(N,V,E) \] \[ dS=\frac{1}{T}dE-\frac{p}{T}dV+\frac{\mu}{T}dN \] N决定相空间的维度。V与边界条件相关，从量子力学来看，V与能级间距关联，从而影响态密