从增加采样到人生
有大半年没有更新博客了。没有时间慢慢编织属于自己的物语，想写什么也不知从何谈起。过去几年陷入低谷，和过去的人越走越远，疏于爱好，渐渐失去喜爱世界的动力，我的生命变得黯淡无光。
回顾一直在钻研的增强采样，其目的不过是加快体系在势能面各个极小值点之间的跃迁，在有限的模拟时长下历经更多微观态。虽然广义系综方法（平行退火）/全局偏置方法（高斯加速分子动力学），能够平等地加速各个微观态间的跃迁
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在GROMACS中使用OPC水模型
GROMACS中OPC水的拓扑文件
与常用的三位点水模型相比，OPC多了一个虚拟电荷位点，总共有4个电荷位点和在氧原子上的单个Lennard-Jones位点参与相互作用。
首先确认OPC水的势函数类型与需要配合使用的力场是否兼容，（力场）拓扑文件的开头一般会有[
defaults ]字段，定义非键相互作用的计算规则：
例如：
123[ defaults ]; nbfunc
.jpg)
Reaction-Rate Theory - Fifty Years after Kramers 翻译（一）
阅读化学动力学经典文献：Reaction-Rate Theory: Fifty Years after
Kramers (Hänggi, Talkner & Borkovec, 1990)
顺便翻译了摘要和介绍部分。后续阅读所得将会呈现在此文(Chemical Dynamics.
I. A Historical Introdcution)中。
Abstract
速率系数的计算
GiHub Pages + Hexo ブログの爆誕
前言
最近终于能从忙碌中脱身，挤出点时间做自己的事情。遂重拾这搁置多年的项目，开辟一个属于自己的天地(博客)，将我所经历的时光铭刻于文字中，而不是任凭它们随记忆消散。随着年龄增长，人逐渐被卷入社会的漩涡，与越来越广阔的世界交织，独属于自己的时间被逐渐增加的琐事蚕食。我开始意识到，若非难事，真正想做的事、珍视的事情，最适时机就是当下。无论多么忙碌，我们都需要保留一份独属于自己的闲暇，仔细耕耘内心的
Hello World
Welcome to Hexo! This is your very
first post. Check documentation for
more info. If you get any problems when using Hexo, you can find the
answer in troubleshooting or
you can ask me on GitHub.
Molecular Dynamics in NVE ensemble
热力学回顾
热力学基本方程 \[
dE=\delta Q+\delta W=TdS-pdV+\mu dN
\] 特性函数 \[
S(N,V,E)=k_Bln \Omega(N,V,E)
\]
\[
dS=\frac{1}{T}dE-\frac{p}{T}dV+\frac{\mu}{T}dN
\]
N决定相空间的维度。V与边界条件相关，从量子力学来看，V与能级间距关联，从而影响态密
